药师法门是解脱人生疾苦与烦恼的大乘佛典，是净化人类精神世界的无上妙药。因为世间众生的所有苦恼，皆是从身与心两个方面生起的，心病须用心药医，佛法是最好的心药，诸佛皆为大医王，善治一切众生心病，而药师如来，除治众生心病外，还治众生一切身病，还能消灾延寿，这是药师法门的重点与特色。
《药师琉璃光七佛本愿功德经》主要需解决的问题和中心思想，开篇就提出来了，文殊室利菩萨代众向世尊请法：“唯佛世尊从初发意，乃至于今，所有无量尘沙数劫，诸佛刹土无不知见。愿为我等及未来世像法众生，慈悲演说诸佛名号、本愿功德、国土庄严、善巧方便差别之相，令诸闻者业障消除，乃至菩提，得不退”。世尊便赞叹文殊菩萨说：“善哉！善哉！曼殊室利。汝以大悲愍念无量业障有情，种种疾病、忧悲、苦恼、得安乐故，劝请我说诸佛名号、本愿功德、国土庄严。”
由此，《药师经》世尊广说诸佛名号及本愿功德的目的是：救拔那些受业障缠累的有情众生，使他们解除种种疾病、忧悲、痛苦、烦恼，得利益安乐，能够使听闻佛法的人，因此得以业障消除，直至证得无上菩提，永不退转。
第一、了解佛教医学
佛教医学是人类最智慧、最彻底、最完整、最上等、最广义的圆满医学理论。
在基础理论方面，佛教的“四谛”、“五蕴”、“十二因缘”、“四大”、“三学(戒、定、慧)”等均对佛教医学产生了较大的影响，并被吸收和引入佛教医学理论之中。在病因学方面，佛教医学认为病有三因∶外因——地、水、风、火“四大”不调，内因——贪、嗔、痴“三毒”为患，业因——过去造诸恶业之果报。佛医不同于其它医学，相对于中医、西医的医学理论，有以下几个特质：
(一)、佛医是最智慧的医学
1、身、心并治，以治心为内在目标，以治身为外在目标，这是佛医的最基本特征。无论是中医，还是西医，基本上都只治疗身体，很少有“心”的成分。中医、西医的目标都是治疗身体疾病，而佛医则不仅要治疗疾病，更注重的是消除疾病的根源：业力、业障。
2、“内学”特征，这一点与中医类似，与西医的“外学”完全不同。“内学”就是向身心内部求索、研究的学问，“外学”就是向身心外部求索、研究的学问。由于“内学”的方法，中医形成了“精、气、神”理论，佛医形成了“身、心、灵”理论，而西医则是病菌、病毒学理论，物理、化学、生物等理论。
3、整体生命观。中医和佛医，都是把人体看成一个整体，是一个系统观念，而西医则是分门别类，分科分目，局部、片面地去分析人体的疾病规律。
4、自愈理论。西医基本忽略或不承认人体自身的自我医治功能，认为疾病靠外在的药品直接医治，治疗的重点是杀毒、杀菌；中医和佛医都认为，疾病可以依靠人体自身的愈合功能治好，药品和其它手段只是激活、激励自身的愈合能力。佛医和中医的不同还在于使用“心药”——慈悲与智慧，可以不用外在的药品。
5、自我治疗。佛医的一个显著特点是可以不需要外在的医生，外在的药品，自我治疗，自我康复，这和中医、西医是完全不同的。
6、佛力加持。当诚心忏悔业障，诵经念咒时，可以感应道交，获得法界力量的支持，得到诸佛菩萨的加持、感应，从而消除业障、离苦得乐。
(二)、佛医是最彻底的医学
关于疾病的原因，不同的医学理论有不同的解释。
中医理论认为，疾病的根源，分为内在和外在，两个方面，外在的方面就是“外感六淫”，“六淫”就是“风、寒、暑、湿、燥、火”六种致病因素。内在的方面就是“七情致病”，“喜、怒、忧、思、悲、恐、惊，谓之七情，七情过度则带来疾病：“喜伤心，怒伤肝，忧伤肺，思伤脾，悲伤肺，恐伤肾，惊伤心肝”。
西医理论认为，疾病的主要原因主要是人体感染了病菌、病毒所致，认为主要的疾病都是这“外源性”疾病，次要的疾病是“内源性”疾病，如精神病、遗传病等。
佛医理论认为，疾病的最主要、最根本原因是人心的“三毒”：贪、嗔、痴，因为这无量的“三毒”造成了无量的业力、业障，从而导致疾病，其它原因是生活环境与自身生理上不相适应的“四大不调”。
按佛教理论，诸法因缘生，诸法因缘灭，一切法由心想生，“应观法界性，一切唯心造”，所以，万法唯心，由此，疾病也是“心”的生灭法——病由心生，病从心灭。
佛教所说的“心”，是指“心识”，即“八识”：“眼识、耳识、鼻识、舌识、身识、意识、末那识、阿赖耶识”比中医所说的“七情”，比西医理论的“心理”更深入、更彻底。
1、眼识：我们的眼睛能看到各种各样的东西，就是眼识的功能。注意，眼睛只能看见，而不会分别；如果你在区别这个是书、那个是笔，这已经是意识在作用了。
2、耳识：耳朵具有听的功能，同样耳朵只是具有听见的功能，而不会区分这个是长笛的声音、那个是小号的声音。一区分，就是意识在作用了。
3、鼻识：鼻子具有嗅觉，但它也只是具有嗅觉功能，一区分香臭，就已经是意识在作用了。
4、舌识：舌头具有味觉，同样它也只是具有味觉的功能，一区分甜和咸，就已经是意识在作用了。
5、身识：身体具有触觉的功能。
前五识是感识，认识具体对象。
6、意识：意识是第六识，具有认识抽象概念的功能。前五识中有一识起作用，意识便同时俱起。
现在心理学上，研究到前六识为止。但是在佛法上的分析，还有第七、第八——末那识和阿赖耶识的存在。
7、末那识：末那是梵语音译。末那识是意识的根本，又称为“我识”。这基本上是一种我执的作用，由此而形成烦恼的根本。
末那识属于潜意识的范围，它本身并不造作善恶之业，但因它执着自我，所以成为一切众生自私自利的根源。
末那识所执着的我是什么呢？就是最后一个阿赖耶识。
8、阿赖耶识：阿赖耶是梵音，又称为藏识，含能藏、所藏、执藏三义，是本性与妄心的和合体。
一切众生，每一个起心动念，或是语言行为，都会造成一个业种，这种子在未受报前都藏在阿赖耶识中，所以此识有能藏的含义。
佛教“八识”理论，是最高、最彻底的宇宙、人生真相的学说，揭示了一切生命“生、老、病、死”的真相。
另外，对于疾病的载体——人体，不同的医学理论也有不同的看法。
中医理论认为，人体是由三宝：“精、气、神”构成，这“三宝”充足、和谐、平衡，人体就健康，否则就生病。《黄帝内经》上说：“虚邪贼风，避之有时，恬淡虚无，真气从之，精神内守，病安从来。”
西医理论认为，“人是机器”，人在本质上与山河大地等外在物质没有本质区别，只是比较复杂一点而已，只是一部复杂的机器，本质上还是机器，不承认“精、气、神”等学说，更不承认佛教的“八识”理论。
佛教理论认为，“三界唯心，万法唯识”，人体是自己“心识”在六道中的“应报身”，人体是“身、心、灵”三位一体的存在。不同于中医理论“精、气、神”所说的“神”，更不同于西医理论的“心理”。
佛教的因果律，深刻、彻底地揭示了疾病的原因：人心的三毒：“贪、嗔、痴”。
佛教“三界唯心，万法唯识”的博大精深理论，打造了佛医理论的精髓——病由心生，病从心灭。
佛教是生死解脱的学说，是最彻底的生命理论，佛医的目标，是拯救众生超越三界、解脱生死，这是中医、西医无法做到的。
(三)、佛医是最完整的医学
西医的最大特点是“临床医学”，都是研究睡在床上的病人，而对于“预防医学、康复医学”，并没有表现出突出优点。而佛医是非常完整的，既是“预防医学”，又是“临床医学、康复医学”，佛医最强调的是“预防医学”。佛门有言：“菩萨畏因，凡夫畏果”，佛菩萨所做的就是防微杜渐，在“因”上下工夫，告诉众生因果的道理，让人戒恶从善，离苦得乐，往往在“因”上就把病排除了，就防止了疾病的开花结果，酿成苦果。这方面，佛医比中医、西医做得最彻底、最完整。
(四)、佛医是最上等的医学
中国有“上医治未病”的说法，早在年前，药圣孙思邈在其《千金要方》中提出了“上医医未病之病（医心），中医医欲病之病（医人），下医医已病之病（医病）”。
这里面有个典故，说的是有一位很有名的医师曾经医好过很多的疑难杂症，有人就称赞他医术高明。这位医师说：“其实我的艺术并不算高明，我家的大哥和二哥水平比我高多了。”众人就问道：“那他们是怎么帮别人看病的？”
医师说到：“我家二哥看到一个人，从他的脉象和气息上就能预见到这个人可能身上存在着一些生病的可能，然后提前帮他做一些预防措施，让他避免疾病的烦恼。”旁人称奇，有一好问者接着问：“那你大哥是怎么帮人看病的？”
医师敬佩地说道：“我大哥一般是处于隐居状态，常人是不知道他的存在。他只要看一下一个人的容貌和神态，就算是一个很健康的人，也可以断他的身上有哪些潜在的发病的可能。我不如也。”
众人更奇怪了，问医师：“既然你大哥和二哥这么厉害，他们怎么不能像你那样有名呢？”
医师感叹地说道：“这其实不是他们的问题，而是大众的问题。你有看到过一个健康人去求医问药吗？你有看到过一个感觉到有疾病威胁的人急着去看医生吗？我最多的就是看到已经得病的或者病得快不行的人才来求医，所以我能成为你们所说的好医生，也不是我情愿的看到的。”
这个故事很有启发意义，中国当代社会确实存在着类似的现象。很多人自以为很健康，或者碰到问题后不及时解决，最终造成治疗时机的延误，也许要付出更大的经济和时间的代价去挽回，有更严重的甚至付出生命的代价。生理问题如此，心理健康问题如此，职业问题更是如此。
这一论述充分强调了预防医学的重要性。佛医“治未病”的理论比中医完善、彻底，和西医相比，更是显得无比优越，所以，佛医是“上医”、“大医”。
(五)、佛医是最广义的医学
中国传统文化中，还有“大医治国、中医治人、小医治病”的说法，按这个说法，佛医则是“大医”，佛陀是“大医王”，佛陀医治的不仅仅是人体疾病本身，还医治社会、人心，带领众生脱离生死苦海，是很广义的医学，不是像西医那样，是很狭义的医学理论。
佛医的最终目标，还不是象中医、西医只是治疗身体的疾病，而是解脱生死，超越三界。
第二、从十恶十善业看应病与药。
《药师经》上说，善住宝海世界法海胜慧游戏神通如来曾发愿：“若有众生造十恶业杀生等罪，由此因缘，当堕地狱。若闻我名至心称念，于十善道，皆得成就，不堕恶趣，乃至菩提。”
业障，谓妨碍修行正果的罪业。业是造作，分为三种，身体、语言、意识所有的造作叫三业。众生于身、口、意所造作之恶业能蔽障正道，故称业障。恶业归纳起来有十种，即十恶业，身业有三：杀生，盗窃，邪淫；语业有四：妄语，恶口，两舌，绮语；意业有三：贪欲，瞋恨，邪见。《药师经》上说：“若有众生造诸恶业杀盗邪淫，于其现身受刀杖苦，当堕恶趣。设得人身，短寿多病，生贫贱家，衣服饮食悉皆乏少，常受寒热饥渴等苦，身无光色，所感眷属皆不贤良。”又说：“若有众生贪欲瞋恚愚痴所缠，若出家在家男女七众，毁犯如来所制学处，造诸恶业，当堕地狱受诸苦报。”可见，造十恶业是诸病苦的根源。
如何消除业障缠缚之病苦呢？对症下药，才能药到病除。在《佛说十善业道经》中说得非常明确：“当知菩萨有一法，能断一切诸恶道苦。何等为一？谓于昼夜，常念思惟观察善法，令诸善法念念增长，不容毫分不善间杂，是即能令诸恶永断，善法圆满，常得亲近诸佛菩萨及余圣众。言善法者，谓人天身、声闻菩提、独觉菩提、无上菩提，皆依此法，以为根本，而得成就，故名善法。此法即是十善业道。何等为十？谓能永离杀生、偷盗、邪行、妄语、两舌、恶口、绮语、贪欲、嗔恚、邪见”。不杀、不盗、不淫是身业清净；不妄言、不两舌、不绮语、不恶口是口业清净；不贪、不嗔、不邪见是意业清净。身、口、意三业清净，谓之十善业道。
第三、从四圣谛看应病与药。
在经典中有这样的比喻：众生的身心有种种的生死业以及烦恼，既是有各种的心病，佛陀将此病情，以及病情之所在处，告诉众生，并且指出那些解脱的圣人，没有病苦而得到的愉悦，以及解脱病苦的方法。
释迦牟尼佛因感人生的生、老、病、死苦而立志寻求解脱之道，当他大彻大悟后，首先为五比丘说的就是苦、集、灭、道四谛之理：
第一次说：此是苦，逼迫性；此是集，招感性；此是道，可修性；此时灭，可证性。
第二次说：此是苦，我已知，不复更知；此是集，我已断，不复更断；此是道，我已修，不复更修；此是灭，我已证，不复更证。
第三次说：此是苦，汝应知；此是集，汝应断；此是道，汝应修；此是灭，汝应证。
四谛的次序是：
㈠、苦谛：说明世间是苦果。我们要知道苦有如病，应该遍知，这是世间的苦果，也是生死的流转。我们要知道所有的病，才能医治它。在佛教中，最常说的是“八苦”。具体内容如下：
1，生苦，即出生时的痛苦。
2，老苦，即年老体弱的痛苦。衰老是任何人所无法避免的。
3，病苦，即患病时的痛苦。
4，死苦，即面对死亡的痛苦。
5，爱别离苦，即与所爱之人分离的痛苦。
6，怨憎会苦，即与仇人见面、相遇的痛苦。此苦与“爱别离苦”相对。
7，求不得苦，即所求不能遂愿的痛苦。
8，五取蕴苦，又成“五阴炽盛苦”，即“五蕴”的作用炽盛，盖覆真性，这才是痛苦的总根源。
《药师经》七佛如来所发四十四大愿，大部分是为解决众生各种各样的的苦。如除“病苦”：“若有众生盲聋喑哑，白癞癫狂，众病所困。若能至心称我名（善名称吉祥王如来）者，由是力故诸根具足，众病消灭，乃至菩提。”又如除“求不得苦”：“若诸有情贫穷困苦无有归趣，众病所逼，无药无医。暂闻我名（药师琉璃光如来），众病消散，眷属增盛，资财无乏，身心安乐，乃至菩提。”再如除“五取蕴苦”：“若有众生常为忧苦之所缠逼，若闻我名（无忧最胜吉祥如来）至心称念，由是力故，所有忧悲及诸苦恼悉皆消灭，长寿安隐，乃至菩提。”
㈡、集谛：说明业与烦恼是苦的根源。我们要知道病苦的原因，将之断除。这是世间的因果，也是生死的流转，但是它指出我们生死流转的原因。
“贪”、“瞋”、“痴”是三种最根本的烦恼，称之为“三毒”。所谓“贪”，即贪爱、贪欲，贪于名利、声色，由此起恶造业。古语云：贪为万恶之源，即是此意。所谓“瞋”，即仇恨、愤恨。由于众生虚妄地区分“我”、“法”，虚妄地执着人、我之别，因此对于他人以及各种事情产生仇恨之心、憎恨之情，由此造成种种恶业。正如佛典中常说的一句话：“一念瞋心起，百万障门开。”所谓“痴”，即是愚昧无知，不明事理，特别是指不明了佛教的真理，因此，备尝人生的种种苦难。《药师经》上说：“若有众生为贪瞋痴之所缠逼，造无间罪及诸恶行，诽谤正法，不修众善，当堕地狱受诸苦痛。若能至心称我名（善名称吉祥王如来）者，由是力故，令无间罪及诸业障悉皆消灭，无有众生堕恶趣者，常受人天殊胜安乐，乃至菩提。”
除“三毒”之外，还有“慢”、“疑”、“见”等大烦恼。“慢”即傲慢、骄傲，“疑”即对于佛教所揭示的人生真理和解脱之道的怀疑。“见”又分为“身见”、“边见”、“邪见”、“见取见”、“戒禁取见”等五种。“身见”是执着五蕴假和合之身为实有;“边见”是偏于一边的恶见，如有些人以为人死之后一切都归于无，所谓人死如灯灭，这叫做“断见”，又有一些人以为人死之后仍是为人，羊死后仍是为羊，这叫做“常见”，这种执断执常的见解，都偏于一边，故名“边见”;邪见是邪而不正的见解，如谤无因果，坏诸善事等;“见取见”之“见”即指“我见”、“边见”、“邪见”，“取”是取著不舍，对于上述三种不正见，执以为是，名“见取见”；“戒禁取见”就是执行或受持邪戒，错认以为是正戒。“三毒”、“慢”、“疑”与“五见”合起来构成“十烦恼”。这“十烦恼”是一切烦恼的根本。因烦恼而迷于事，迷于理，这叫迷事惑、迷理惑。有了“惑”，就使身、口、意作不善之业，因此就有了三界轮回之苦。
消灭“慢”、“疑”、“见”等大烦恼，《药师经》上说：“若复有人归依世尊，……虽有多闻而怀骄慢，由慢心故自是非他，嫌谤正法为魔伴党，如是愚人自行邪见，复令无量百千俱胝有情堕大险坑，此诸有情，堕于地狱、傍生、鬼趣。若曾闻此药师琉璃光如来名号，由彼如来本愿威力，于地狱中忆佛名号，从彼命尽，还生人间。正见精进，意乐调善，舍俗出家，于佛法中受持学处，无有毁犯。正见多闻，解甚深义，离于骄慢，不谤正法，不为魔伴。渐次修行诸菩萨行，乃至菩提。”法幢世界法海雷音如来也发大愿：“若有众生生邪见家，于佛法僧不生净信，远离无上菩提之心，若闻我名至心称念，由是力故，无明邪慧日夜消除。于三宝所，深生正信，不复退转，乃至菩提。”
㈢、灭谛：说明解脱与证果。众生无时无刻不在病苦中，我们要知道没病苦的快乐是怎样的？要认识怎样的人是没有病苦的？要证知怎样才是没有病？这是指未来的果，就是解脱、清净的境界。“灭”也称为“寂灭”、“圆寂”等，意思是灭除烦恼，获得解脱。这是佛教修行的最高境界。《药师经》中妙宝世界宝月智严光音自在王如来所发大愿：“若有众生意乐鄙劣，于二乘道修行而住，弃背无上胜妙菩提。若能至心称我名者，舍二乘见，于无上觉得不退转，乃至菩提。”
㈣、道谛：“道”即道路，指灭除烦恼、获得解脱的途径和方法。我们要知道修道的方法有如良药，应该修学。这是指出世间的因，我们应该学习、掌握一些修道的方法，努力不懈地修行，最后就可离苦得乐。
佛教的修行方法，与其它宗教多有不同。它不单纯依靠信仰，而更注重智慧。这种强调智慧解脱的修行方法，在佛教的基本教义上有“八正道”、“三十七道品”、“三学”、“六度”，有充分的体现。《药师经》上说：“若有众生行鄙恶事不信三宝，智慧鲜少不修善法，根力觉道念定总持皆不修习，若能至心称我名者，由是力故智慧渐增，三十七品悉皆修学，深信三宝乃至菩提。”
所谓“八正道”，即八种圣者的道法，包括正见、正思惟、正语、正业、正命、正精进、正念、正定。
1，“正见”，即正确的知见，指佛教所说的“苦”、“集”、“灭”、“道”四谛论及其它佛教自身的见解和智慧。有了正见就会不为世间邪俗之见所迷惑。
2，“正思惟”，即正确的思考，指离开世俗的主观分别，离开邪妄迷谬，以佛教的纯真智慧来思考。
3，“正语”，即正当的言语，远离妄言、两舌、恶口，做到不妄语、不慢语、不恶语、不谤语等。
4，“正业”，即正当的业行，即言行清净。佛教认为，起心动念，无非造业，修道须身不造杀、盗、淫等业，口不作欺妄语，意不起贪、瞋、痴，这就叫“正业”。
5，“正命”，即正当的生活和谋生手段，远离一切不正当的行业。
6，“正精进”，即正当的努力，不断策励自己，努力于道业。
7，正念，即正确的忆念，即应当时时忆持正法，不起邪思邪念。
8，“正定”，即正确的禅定。也就是正身端坐，心注一境，远离散乱心，深入沉思冥想，以佛教智慧观察世界、洞察人生，从而获得身心的解脱。
从“八正道”又衍化出“三十七道品”。“三十七道品”共有七科三十七分，为修行入道之品类，因此名之。“七科”为“四念处”、“四正勤”、“四神足”、“五根”、“五力”、“七觉支”、“八圣道分”。
“四念处”即身念处、受念处、心念处、法念处。“念”为能观之智，“处”为所观之境。即以智慧观察对境，而留住意念于此。就是观身不净、观受是苦、观心无常、观法无我，而对治“常”、“乐”、“我”、“净”等四颠倒的观法。于此四境起不净、苦、无常、无我等观慧时，就能够使念止住于其境。《药师经》上，法幢世界法海雷音如来正在说法：“演畅无常、苦、空、无我，众生闻者舍离欲缠，习气渐除，证甚深定。”
“四正断”，即“四正勤”，已生恶使其断灭、未生恶使其不生、未生善使其生起、已生善使其增长。此“四正勤”就是精进，精进勤劳修习四种道法，以策励身口意，断恶生善。
“四神足”，又名“四如意足”，是“四正勤”所修的行品，也就是用四种定力摄心，使定、慧均等，神力充沛，所愿皆得，故名“如意足”。一是“欲神足”，指由想得到神通的意欲之力所发起的禅定。二是“精进神足”，指不断止恶从善之力发起的禅定。三是“心神足”，指由心念之力所发起的禅定。四是“观神足”，指由思惟佛理之力发起的禅定。
“五根”，“根”为坚固不动之义，一是“信根”，“信”为入理之根本。二是“精进根”，是指深信教法后，如实勤奋地修行。三是“念根”，由精进故，心于所缘境，念住不忘。四是“定根”，又作“禅定根”，即指使心止于一处，不为外境动摇之“禅定力”。五是“慧根”，观达真理，称为“慧”;智慧具有照破一切、生出善法之能力，可成就一切功德，以至成道。在“三十七道品”中，“信根”、“念根”是由修“四念处”所形成的，“精进根”是由修“四正勤”所形成的，“定根”则是修“四神足”所形成的，“慧根”则是修行四谛所形成的。
“五力”是指由“信”等“五根”的增长所产生的五种维持修行、达到解脱的力量。具体而言：一是“信力”，指对于如来所修植的清净法门产生坚固的信心进而形成“信根”，再也不会被外道以及世间之法所吸引牵夺，“信力”是“信根”显现出来的力量。二是“精进力”，指修“四正勤”可断除诸恶，为精进根增长，能破身之懈怠。三是“念力”，指由勤修而念住于所缘之境，能抗外来之障碍而至无念。四是“定力”，指止息散乱之心，归于静寂之禅定力。五是“慧力”，指慧根增长，能破三界之诸惑。
“七觉支”，“觉”的意思是菩提智慧，以七种法能助菩提智慧开展。1.念觉分，2.择法觉分，3.精进觉分，4.喜觉分，5.猗觉分，6.定觉分，7舍觉分。
“八圣道分”即前述“八圣道”。
上述“三十七道品”为修行之通途，入圣之法要，因此，是大小乘佛教共同提倡的。“三十七道品”又可归结为“三学”。“三学”即戒、定、慧。
"戒"，主要是指佛陀为出家和在家的信徒所制定的戒规。戒的作用是防非止恶，纯洁行为。有五戒、八戒、十戒、二百五十戒、三百八十四戒等。其中，“五戒”是最基本的。
“定”，也就是一般所说的“禅定”。“定”是梵文的意译，音译为“三昧”、“三摩地”，意思为息止散乱之心，使心专注于一境。
"慧"，即智慧。强调用智慧获得解脱，因此，“慧学”在佛教修行中常常占有非同寻常的意义。所谓智慧，即“四谛理”、“十二因缘”等佛教义理。通晓这些义理，便能把一切事物，包括人生当作因缘和合而起的假相，进而不执着、不追求，这样便无有烦恼，即可获得解脱。
“三学”又进一步扩大为“六度”。“六度”即“六波罗蜜”，包括布施、持戒、忍辱、精进、禅定、般若。
可见，“三十七道品”是治病的良方良药。
第四、从十二因缘看应病与药。
《药师经》上说，称念药师琉璃光如来名号可“破无明壳，竭烦恼河。解脱一切生老病死、忧悲苦恼，乃至菩提。”又，法海雷音如来发愿中：“若有众生生邪见家，于佛法僧不生净信，远离无上菩提之心，若闻我名至心称念，由是力故，无明邪慧日夜消除。于三宝所，深生正信，不复退转，乃至菩提。”
在《佛说长寿灭罪护诸童子陀罗尼经》，世尊讲述了一个非常重要的道理，就是十二因缘法。
十二因缘是从无明到生死彼此成为条件或因果联系的12个环节：①无明，即无知；②行，由无明而产生的善与不善等行为（意志）；③识，相当于托胎时的心识；④名色，相当于胎中的精神和物质方面的形体；⑤六入，即眼、耳、鼻、舌、身、意（心）等6种感觉器官；⑥触，相当于出胎后开始接触外界事物；⑦受，即对苦乐等的感受；⑧爱，即生起贪爱等欲望；⑨取，指追求色、香、味、触等；⑩有，即生存的环境；⑾生，即来世之再生；⑿老死，是人生的终结。其中，①②是过去因，感现在果；③～⑦是现在果；⑧～⑩是现在因，感未来果；⑾⑿是未来果。十二个环节前后之间互成因果，互为生灭条件，是涉历过去、现在和未来三世的总的因果循环链条。原始佛教在分析苦难和造成苦难的原因时，提出此说，认为众生之所以有生死轮回种种痛苦烦恼，根源在于无明，只要破除无明，就可以灭除生死轮回的痛苦而获得解脱。
什么是一切疾病的根本呢？
无明我执。
什么是无明我执呢？
无明，是指生命的短暂拥有者，无法明瞭苦乐与相应因缘的真相，因此，都有凡事凡思都以自我为中心的病态，由于这无明我执的病态，导致人生医疗保健的错乱和人际关系的纠结。且让我们看看一个事实：所有的人是否都以自我为中心而与他人不合呢？其实际状况是，顺我则贪而陷入利令智昏的状态，又逆我则瞋陷入怒火难扼的困境，为此，自己的身心无法平衡，以至影响到周围的人亦无法平衡，也就因为这样，与人有关的事，永远扰扰攘攘无穷无尽。
如果将无明我执消灭，一切人事纠纷就能迎刃而解，一如断了根的毒树，纵然还存有一些枝叶，但，谁都知道，毒树终将枯死。是的，只要断除无明我执这一切疾病的根，一切疾病的枝叶终将自然全部枯死。放弃了我的想法，彼此之间将不再有对立冲突，人际关系没问题，剩下的人生问题，只不过是技术问题而已。
假若放弃以自我为中心的本位主义，那么，又应以什么观念来取代原有的我执呢？只要我们效法佛陀，以缘起的本质不离万事万物互依而存的事实，这个正见，就能取代原先病态的无明我执。这个正知正见，就是佛教医方明一切医疗保健的起点和终点。
一切众生，实是本来清净，由于过去一念无明妄动，便有行为造业，有行为造业便有入胎之识。有入胎之识便有现生之胚胎，有了胚胎便具备眼、耳、鼻、舌、身、意等六根。出胎后，六根就会有六种触觉，有六种触觉便有六种感受。有感受便懂得爱，懂得爱之后，就会执著，极力去夺取，有所夺取，便会形成未来世之业因。有了未来之业因，就会领受来世之生。有生就必然会有老死，及一切忧愁悲伤苦恼。这就是十二因缘的顺生门。若是没有无明妄动，那里会有行为造业？没有行为造业，那里会有入胎之识？没有入胎之识，那里会有胚胎这个色身？没有色身，就不会有六根存在。没有六根，就不会有六种触觉。没有触觉就没有感受。没有感受便没有爱。没有爱就不会有执著夺取。没有执著夺取，就不会有未来生之业因。没有未来生之业因，就不会有未来世之生。没有生，就不会有老死，及忧伤悲苦。这就是十二因缘的还灭门。你要知道，一切众生不能观察十二因缘之法，是故轮转于生死苦海中。昔有人能观察十二因缘之法，即是能见实相法。能见实相法者，即是见佛。见佛者，即是见佛性。何故这样说呢？因为一切诸佛，都以此十二因缘法为法性。
十二因缘是佛教的基本道理，初学佛者要学习佛法，首先就得认识三宝、四圣谛及十二因缘。根据经典的记载，佛陀在菩提树下觉悟时，就是观这十二因缘。十二因缘说明有情流转生死的前因后果，在此流转中唯是烦恼、业行及苦果（即惑、业、苦）；它们相依，因缘生灭的相续流转，使到我们感受到有个人生的过程，有一个生命在生死轮回；实际上这其中无有主宰者、没有作者、也没有受者。
佛说十二因缘是一大苦聚，我们学习十二因缘就是要明白苦在哪里？要从十二因缘当中怎样得到解脱。
十二因缘又称为十二缘起支。此十二支互相为因果，因为一个因缘升起，而造成另一个因缘也生起，故佛经中常说：‘此有故彼有，此灭故彼灭。’这句话的意思是：有这样的东西生起，所以另外一样东西也跟著生起；有这样的东西消灭，另外一样东西也跟著消灭。
第五、从菩萨六度看应病与药
《药师经》上佛陀说：“若有众生不识善恶，唯怀贪惜，不知惠施及施果报，愚痴少智无有信心，多蓄珍财勤劳守护，见乞者来心生不喜，设不获已行惠施时，如割身肉深生吝惜，复有无量悭贪有情，……彼诸有情从此命终，生饿鬼中，或傍生趣。由昔人间曾闻药师琉璃光如来名故，虽在恶趣，还得忆念彼如来名，即于彼没生在人中，得宿命智，念畏恶趣苦，不乐欲乐，好行惠施，赞叹施者，所有财物无悭吝心。”
1、施度（布施能度悭贪）：分财施、法施和无畏施三种。谓菩萨由修布施，能对治悭吝贪爱烦恼，与众生利乐。
2、戒度（持戒能度毁犯）：包括出家、在家、大乘、小乘一切戒法和善法，谓菩萨由修一切戒法和善法，能断身口意一切恶业。
《药师经》上佛陀说：“若有净信男子女人等，乃至尽形不事余天，唯当一心归佛法僧，受持禁戒，若五戒、十戒、菩萨二十四戒、比丘二百五十戒、比丘尼五百戒，于诸戒中或有毁犯怖堕恶趣，若能专念彼佛名号恭敬供养者，必定不生三恶趣中。”
3、忍度:（忍辱能度瞋恚）：谓菩萨修忍度，能忍受一切有情骂辱击打及外界一切寒热饥渴等之大行，即能断除瞋恚烦恼。
4、精进度（精进能度懈怠）：谓菩萨精励身心，精修一切大行，能对治懈怠，成就一切善法。
5、禅度（禅定能度散乱）：禅，亦名静虑、三昧、三摩地、定。谓思维真理，定止散乱，心一境性，调伏眼耳等诸根，会趣寂静妙境。有四禅、八定及一切三昧等。
6、慧度（智慧能度愚痴）：谓通达诸法体性本空之智，及断除烦恼，证得真性之慧，能对治愚痴无昧无知。
打个此方：众生如病者，佛如医师，佛法如医方亦如医药；因众生有种种病，故佛有种种法，病者得药，疾病方除。
世间一切药，为治一切病，若无一切病，何须一切药。
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